O nás

Laboratórium sa zameriava na interdisciplinárne štúdie, v ktorých je potrebné použiť najnovšie techniky hmotnostnej spektrometrie na identifikáciu, relatívnu kvantifikáciu a štruktúrno-funkčnú charakterizáciu biologicky aktívnych makromolekúl, a to najmä tých, ktoré môžu súvisieť s odpoveďou na stres, alebo vývoj ochorenia (infekcia/nádor). Výsledky týchto štúdií môžu poskytnúť jedinečný pohľad na vzájomné vzťahy hostiteľ-patogén a odhaliť doteraz neznáme stratégie virulencie mikroorganizmov. Pozoruhodné výsledky je možné dosiahnuť aj skúmaním úlohy molekúl zapojených do vývoja ochorení alebo zmenených v reakcii na abiotické stresové faktory.

Špecialisti v tomto laboratóriu neustále vyvíjajú a zlepšujú metódy na:

1. prípravu vzoriek (extrakcia proteínov, enzymatické štiepenie, biofunkcionalizované nanočastice),
2. elektroforetickú a chromatografickú (multidimenzionálne) separáciu proteínov a peptidov,
3. detekciu a kvantifikáciu technikami hmotnostnej spektrometrie,
4. štatistickú a bioinformačnú charakterizáciu a
5. určenie posttranslačných modifikácií a ich lokalizáciu.

Pracovisko zároveň poskytuje služby, a to nielen kolegom z BMC SAV, v. v. i., ale i pre iné akademické a vládne inštitúcie, ako aj komerčný sektor.

Poskytované služby

Špecializované laboratórium pre proteomiku a hmotnostnú spektrometriu poskytuje:

• stanovenie presnej molekulovej hmotnosti biomolekúl,
• identifikáciu proteínov,
• sekvenčnú charakterizáciu peptidov,
• štiepenie proteínov v gély, na filtri alebo v roztoku,
• separáciu a purifikáciu proteínov a peptidov rôznymi druhmi kvapalinovej chromatografie,
• 1-D a 2-D gélovú elektroforézu,
• robotické vyrezanie gélových spotov a bandov,
• lokalizáciu miesta post-translačných modifikácií proteínov (fosforylácia),
• bioinformačnú interpretáciu súboru dát získaných z proteomických analýz,
• iné analytické služby pre projekty biomedicínskeho výskumu (na požiadanie).

Poznámka:

S cieľom prediskutovať otvorené otázky týkajúce sa analýz, či prípravy vzoriek, navrhujeme záujemcov, aby sa stretli s pracovníkmi laboratória. Prosím adresujte svoje požiadavky na e-mail viruludo@savba.sk.

Postup:
Vzorky je možné doručiť do laboratória osobne alebo prostredníctvom vhodnej prepravnej služby. Následne sa vzorky zaregistrujú a spracujú v poradí v akom boli doručené (pokiaľ nebolo vopred dohodnuté inak). Správu o dosiahnutých výsledkoch vypracuje poverený pracovník podľa pokynov vedúceho laboratória a následne ju odošle žiadateľovi e-mailom.

Poplatky:
Poplatky na pokrytie prevádzkových nákladov sa zvyčajne účtujú v závislosti od počtu a povahy vykonaných analýz. U komplexných štúdií je možné uzavrieť dohodu.

Vybavenie pracoviska

• tandemové hmotnostné spektrofotometre: ESI-Q-TOF Premier (Waters), MALDI Ultraflextreme (Bruker), ESI QTRAP 4500 (Sciex)
• hmotnostný spektrometer s ionizáciou dopadom elektrónov
• vysokoúčinná kvapalinová chromatografia: Bio-Logic (Bio-Rad), dvojrozmerný systém Acquity M-class (Waters) a nano UHPLC Ultimate 3000 (Thermo Scientific), nano UHPLC nanoAcquity (Waters), kapilára UHPLC Exigent expert 100 (Sciex)
• plynová chromatografia (Agilent Technologies)
• Protean XL Cell a Multi-Cell vertikálne elektroforetické jednotky (Bio-Rad)
• Multiphor izoelektrická fokusácia (GE Healthcare)
• univerzálny zobrazovací systémk Pharos FX molecular imager (Bio-Rad) s EXQuest (Bio-Rad) vyrezávačom spotov.
• softvér na analýzu 2D gélov Image Master 2D Platinum (GE Healthcare) a PDQuest Advanced (Bio-Rad)

Softvér na analýzu údajov hmotnostnej spektrometrie:

• ProteinLynx Global Server (Waters) na vyhľadávanie píkov a identifikáciu proteínov pomocou databáz a de novo sekvenovaním
• Progenesis QI for proteomics (Waters) umožňujúci kvantifikáciu bez použitia značiek,
• BioTools (Bruker) na manuálnu interpretáciu spektier,
• ProteinScape (Bruker) na manažment proteomických analýz,
• Mascot (Matrix Science) na identifikáciu proteínov,
• Analyst (Sciex) na vývoj metód a štruktúrnu analýzu
• MassQuant (Sciex) pre cielené kvantifikácie a štatistické vyhodnotenie.