Keď idú publikácie bokom

Viac ako 65-tisíckrát si návštevníci internetového portálu SAV otvorili v jeho rubrike Aktuality text so stanoviskom Virologického ústavu BMC SAV k situácii okolo koronavírusu z 28. februára 2020. Našli to, čo od vedcov očakávali. Fakty a odporúčania. K tým prvým odvtedy pribudlo mnoho nových poznatkov, ale základ platí. Pokiaľ ide o odporúčania, ich presnosť potvrdzuje, že v rovnakej alebo trochu pozmenenej podobe ich bolo možné v uplynulých týždňoch vidieť takmer všade. Počnúc uzneseniami vlády a krízových štábov až po reklamné spoty a motivačné videá umelcov či športovcov.

Rozumný postup v praxi

„… ak sa ľudstvo zachová rozumne, tak môže šírenie vírusu zmierniť. Je to okrem iného aj jedna z príležitostí dokázať, že vieme základnými opatreniami ovplyvniť to, ako sa bude vírus rozširovať v našej krajine,“ povedala pre časopis Akadémia/Správy SAV (2/2020, Serendipity je schopnosť, nie náhoda) len o niekoľko dní neskôr riaditeľka Biomedicínskeho centra SAV (BMC SAV) prof. RNDr. Silvia Pastoreková, DrSc. Po troch mesiacoch hovorí, že Slovensko a jeho obyvatelia to urobili presne tak, ako bolo treba. Takže sa podarilo na minimálnu mieru obmedziť medicínske komplikácie, s akými sa stretli v mnohých iných krajinách.

„Žiaľ, snaha ochrániť sa pred vírusom trochu posunula nabok ostatných pacientov s inými vážnymi alebo chronickými ochoreniami. A druhá nepríjemná vec je ekonomika. Ale ja to vidím tak, že keby sme postupovali inak, nevyhli by sme sa vážnym následkom epidémie, možno by sme mali stovky vážne chorých, zaťažené zdravotníctvo. A v konečnom dôsledku by sme tak či tak museli urobiť opatrenia, ktoré by ekonomiku poznačili,“ hovorí táto manažérka a vedkyňa. Jej kolega z vedenia Biomedicínskeho centra SAV a vedecký riaditeľ Virologického ústavu MVDr. Juraj Kopáček, DrSc. (Akadémia/Správy SAV 4/2017, Správna cesta? Tá za kvalitou) súhlasí s názorom, že spoločnosť túto vlnu epidémie zvládla aj vďaka tomu, že vnímala hlasy vedcov a riadila sa ich odporúčaniami. S úsmevom dodáva, že by prijal, keby sa to stávalo častejšie.

Hoci špičkový slovenský virológ a vedúci oddelenia ekológie vírusov Virologického ústavu BMC SAV RNDr. Boris Klempa, DrSc. (Akadémia/Správy SAV 1/2018, Čo považuje ocenený virológ za privilégium), po prvých týždňoch krízy vypadol zo zostavy vládneho (najprv ústredného, potom permanentného) krízového štábu (viedol testovanie), predstavitelia BMC SAV pôsobili pre permanentný krízový štáb v pracovných skupinách k rôznym stránkam zvládania krízy. Napríklad používaniu testov, skríningu skupín a podobne.

Ako hovorí profesorka Pastoreková, tri mesiace koronakrízy im o ich pracovisku potvrdili, že v BMC SAV sú skvelí vedci schopní využiť svoje znalosti a skúsenosti v prospech spoločnosti. „V tíme, ktorý sa venuje testovaniu [vedci z Oddelenia ekológie vírusov Virologického ústavu BMC SAV – poznámka redakcie], to nebola len rýchla reakcia na situáciu. V uplynulých týždňoch ostalo veľa vedcov doma. Písali, pripravovali publikácie. Zaregistrovali sme, že to tak urobilo aj množstvo našich zahraničných kolegov virológov – a vychádzajú im články o SARS-Cov-2. Ale tým, že tá naša výskumná virologická skupina sa vrhla do rutiny testovania, museli jej členovia takmer úplne zabudnúť na svoju vedeckú prácu. Nielen že nepracovali na veciach, čo mali predtým rozbehnuté, ale nemali dostatok času na skúmanie a publikovanie práve na tému tohto vírusu, napríklad o nových izolátoch. Jednoducho obetovali tú príležitosť, bola pre nich na druhom mieste. Prvé bolo testovanie,“ zdôrazňuje šéfka BMC SAV.

„O svojom pracovisku sme si vo víre udalostí overili aj ďalšiu vec. Že sú na ňom ľudia obetaví, ochotní pracovať po večeroch, cez víkendy… ale, navyše vedia byť akcieschopní,“ dodáva.

prof. RNDr. Silvia Pastoreková, DrSc., riaditeľka Biomedicínskeho centra SAV (BMC SAV)

„Takéto mimoriadne situácie dávajú možnosť, aby človek viac videl do ľudí. Pokiaľ ide o Biomedicínske centrum, za výbornú vec považujem, že aj tí, ktorí sa priamo nezúčastňovali na testovaní alebo aktivitách s tým spojených, dávali najavo podporu. Vychádzali v ústrety povedzme pokiaľ ide o priestory na prácu či prístroje,“ pripomína doktor Kopáček. S tým, že pre BMC SAV, v ktorom pôsobí päť ústavov SAV, je prajnosť kolegov veľmi dobrý signál.

Prípravy a štart

Pokiaľ ide o testovanie [Akadémia/Správy SAV 2/2020, Koronavírus zmenil, no nestopol život akadémie], podľa vedeckého riaditeľa Virologického ústavu bolo BMC SAV pripravené prakticky v momente, keď sa ukázala potreba. Tak infraštruktúrou, ako aj znalosťami. „Ukázalo sa, aké prospešné sú vzťahy so zahraničnými pracoviskami špičkovej úrovne. Lebo doktor Klempa pôsobil a stále spolupracuje s berlínskym Institut für Virologie na tamojšej univerzitnej klinike Charité. Má tam veľmi dobré vzťahy, a tak sme mali vlastne z prvej ruky veľmi rýchlo všetko, čo treba k protokolu na testovanie, ktorý tam vyvinuli a ktorý odporúčala Svetová zdravotnícka organizácia WHO,“ vysvetľuje J. Kopáček.

Dodáva, že pokiaľ ide o priestory, potrebovali – vzhľadom na to, že vírus je vysoko infekčný – laboratóriá prístrojovo vybavené a upravené tak, aby testovanie vzoriek bolo bezpečne oddelené od prípravy čistých reagencií. To trvalo zhruba týždeň. Biomedicínske centrum SAV tesne pred koronakrízou robilo v priestoroch laboratórií so zvýšeným stupňom ochrany úpravy na to, aby v nich mohli vedci produkovať vakcinačný antigén na Q horúčku (choroba spôsobená baktériou Coxiella burnetii – poznámka redakcie). „Doktor Škultéty, ktorý to celé pripravoval [Ing. Ľudovít Škultéty, DrSc., vedúci Oddelenia rickettsiológie – poznámka redakcie], s veľkým pochopením tieto ich programy posunul a priestory uvoľnil pre tím, ktorý sa podujal na testy,“ dodáva J. Kopáček.

Pri rozbehu dostala táto inštitúcia SAV aj prvú (a zatiaľ jedinú) finančnú injekciu od štátu, z ktorej platila nákup materiálu, čo na testovanie potrebovala.

Testy, improvizácia a riešenia

„Hneď ako sme začali objednávať primery a próby potrebné na testovanie, narazili sme na problém, že sme neboli schopní na trhu zohnať dostatok kvalitných reagencií. Dostali sme napríklad várku, ktorá bola úplne nepoužiteľná,“ spomína J. Kopáček. Navyše na trhu bol obrovský dopyt, vysychali pramene rôznych produktov, vedci sa museli často preorientovávať na nové typy testov. Podľa S. Pastorekovej v tom, že ústav mohol v tej zložitej situácii stále testovať, zohral významnú úlohu práve jeho vedecký riaditeľ J. Kopáček. „Už na štarte sme si s doktorom Klempom povedali, že on bude mať na starosti časť testovania a ja sa budem starať o technickú podporu,“ dodáva tento vedec. „Aby sa jedného dňa nestalo, že nemáme s čím testovať.“

Tlak na výrobcov znamenal aj to, že spoľahlivosť ich produktov na testovanie išla v niektorých prípadoch nižšie. Stalo sa, že niektorá šarža bola nevydarená. Tím, ktorý testuje, také niečo veľmi zdržuje, lebo za konečným poznaním, že je reagencia zlá, je najprv test, ktorý nevyjde, potom pátranie, v čom je chyba, návrat na začiatok – jednoducho hodiny stratenej práce a energie.

„Práve v čase, keď museli … urgentne riešiť problém nedostatku alebo zlej kvality kľúčových komponentov PCR testu, sa zjavila ponuka Pavla Čekana, PhD., ktorý vedie firmu MultiplexDX primárne zameranú na inovatívnu onkologickú diagnostiku, že je schopný tieto komponenty pre nás nasyntetizovať. Vzápätí vznikla s pomocou firiem Lambda Life a ProScience Tech, ako aj s účasťou tímu RNDr. Tomáša Szemeša, PhD. z Vedeckého parku Univerzity Komenského efektívna spolupráca, ktorá dostala silnú finančnú podporu zo strany firmy ESET, ako aj morálnu podporu zo strany člena Permanentného krízového štábu Dr. Róberta Mistríka,“ opísala situáciu v istom momente testovania profesorka Pastoreková pre rubriku Aktuality webového portálu SAV.

„Vedci z Biomedicínskeho centra SAV sa podieľali na overovaní kvality a funkčnosti jednotlivých zložiek testu, na validácii testu na klinických vzorkách, ako aj na izolácii vírusu a príprave vírusovej RNA, ktorá v teste slúži ako pozitívna kontrola. Firme MultiplexDX patrí veľký kredit za optimalizovaný dizajn špecifických komponentov testu, ktoré vylepšili jeho kvalitu a za výrobu týchto komponentov. Tím z Vedeckého parku UK sekvenoval RNA z vírusových izolátov, ktorá sa použila ako pozitívna kontrola, podieľal sa na validácii testu a optimalizácii podmienok jeho praktického použitia. Firmy ProScience Tech a Lambda Life dodali komponenty potrebné na reverznú transkripciu a PCR a podieľali sa na návrhu validačných protokolov potrebných na certifikačný proces a na kompletizácii kitu. Podporovateľ celého vývoja, firma ESET, angažoval do procesu prípravy na certifikáciu Romana Oravca z neziskovej organizácie CCCT, ktorý validačné testovanie koordinoval a pripravil podklady na registráciu testu v Štátnom ústave pre kontrolu liečiv SR (ŠÚKL). … vDETECT COVID-19 RT-qPCR kit 14. mája získal certifikáciu ŠÚKL na použitie v in vitro diagnostike a 15. mája bolo slávnostne odovzdaných stotisíc testov ako dar Slovenskej republike, ktorý budú môcť štátne laboratóriá bezprostredne použiť na testovanie,“ spomína riaditeľka Biomedicínskeho centra SAV.

Obaja manažéri BMC SAV – S. Pastoreková i J. Kopáček – pritom zdôrazňujú významnú úlohu svojich kolegov B. Klempu a RNDr. Juraja Kočiho, PhD., ale tiež súkromných spoločností, ktoré – tým, že sú dodávatelia materiálov v tejto sfére – slúžili ako jedna zo spojovacích liniek v spolupráci pri vývoji a výrobe testovacích kitov.

Jadro je v základnom výskume

Medzitým vedci Virologického ústavu Biomedicínskeho centra SAV informovali verejnosť, že sa im podarilo získať na bunkových kultúrach prvé slovenské izoláty vírusu SARS-CoV-2. Profesorka Pastoreková k téme zdôrazňuje, že tento krok má vedeckú hodnotu, lebo prináša poznatky o tom, aká je genetická informácia slovenských izolátov vírusu. „Ale ukázalo sa, že izolácia vírusu má aj praktický význam,“ pripomína. „Lebo práve RNA z tých izolátov slúži ako kontrola v nových testoch, o ktorých sme hovorili.“

MVDr. Juraj Kopáček, DrSc., vedecký riaditeľ Virologického ústavu Biomedicínskeho centra SAV

Pritom, ako pripomína doktor Kopáček, vedci urobili to, čo im káže ich vedný odbor: „… izolujte ten vírus a pozrite sa, čo je zač.“ „Nie je to žiadna veľká veda,“ hovorí. „Ale neurobí to každý. Len ten, kto je na to pripravený a má na to expertízu.“ Motiváciou pre vedcov bolo aj to, že izoláty mohli uložiť do Európskeho vírusového archívu, ktorý spravuje konzorcium globálnych rozmerov EVA-GLOBAL podporované už tretím projektom Európskej únie v rámci programu Horizont 2020. EVA-GLOBAL, ktorého spoluzakladateľom bol aj Virologický ústav BMC SAV – a tím doktora Klempu je jeho slovenským reprezentantom – sa stará o najväčšiu zbierku vírusov na svete. Tie sú k dispozícii vedeckej komunite práve v situáciách, akú ľudstvo zažíva. Ak vypukne epidémia alebo pandémia, archív poskytne materiál na rýchlu reakciu výskumníkov.

V súvislosti s prácou tímu BMC SAV v období koronakrízy upozorňuje profesorka Pastoreková, že vedci sú hodnotení vo všetkých rebríčkoch podľa vedeckých publikácií v renomovaných časopisoch, impakt faktorov, citácií, ale nemalo by to byť jediné kritérium kvality. V zložitých situáciách, ako bola práve táto pandémia, je podľa nej dôležitá okamžitá a praktická reakcia na požiadavky spoločnosti. „Na chvíľu sme na tie publikácie museli zabudnúť a napriek tomu spoločnosť vníma naše pracovisko ako zmysluplné.“

Vedenie BMC SAV – a nielen ono – zdôrazňuje v tejto súvislosti význam základného výskumu, ktorý na takúto aktívnu úlohu vedcov v kríze vytvára predpoklady. „Ak by sme tu nemali etablovanú skupinu, ktorá sa vyzná v problematike, zaoberá sa nebezpečnými vírusmi, rozumie sa epidemiológii a ekológii vírusov, ovláda metodiky potrebné pre základný výskum, tak by toto pracovisko nedokázalo reagovať tak, ako reagovalo,“ hovorí S. Pastoreková. Jej kolega J. Kopáček dopĺňa, že nehovoria len o základnom, ale o špičkovom základnom výskume. „Lebo naše výsledky v ňom nás oprávňujú byť v takýchto situáciách lídrom a konštatovať, že vieme, ako problém riešiť, a stáť si za tým riešením. To sa v tejto situácii stalo.“ Riaditeľka BMC SAV v tejto súvislosti zdôrazňuje úlohu erudovaných, špičkových osobností, ktoré majú aj medzinárodný rešpekt. „Doktor Klempa takou bezpochyby je,“ dodáva.

Firmy a zodpovednosť

Tím Biomedicínskeho centra SAV štartoval s testovaním osemnásteho marca na deväťdesiatich testoch denne. Uprostred mája to bolo viac ako 360. Po dvadsiatom máji sa kapacita minimálne zdvojnásobila, ale teoreticky môže byť aj štvornásobná. To vďaka špecializovanému prístroju, ktorý si BMC SAV mohlo kúpiť vďaka polmiliónovému daru Nadácie Slovenskej sporiteľne.

„Zrýchlenie a zefektívnenie testovania pomocou špecializovaného prístroja spočíva v tom, že väčšiu časť procesu RNA extrakcie z klinických vzoriek prevezme stroj. Vďaka tomu prebehne proces rýchlejšie, bez rizika chýb a absolútne štandardizovane. Zároveň tým budú odbremenení naši pracovníci, ktorí počas behu prístroja už môžu pripravovať ďalšie vzorky alebo následné kroky celého procesu. Vo výsledku sa teda zvýši nielen rýchlosť procesu RNA extrakcie, ale aj naša celková testovacia kapacita,“ povedal k tomu doktor Klempa.

Testovanie vzoriek sa vykonáva v dvoch fázach. Nový stroj nahradí prvú, ktorá sa robila manuálne – izoláciu vírusovej RNA zo vzorky. Bola časovo náročná a limitovala počet testov. Na druhú fázu – reverznú transkripciu RNA na DNA s PCR reakciou – už v Biomedicínskom centre SAV mali špecializovaný prístroj a používali ho aj pri vývoji a overovaní slovenského testu.

„Veda a vedci sa v týchto dňoch dostali viac do povedomia. Aj vďaka tomu sme sa ocitli v hľadáčiku Nadácie Slovenskej sporiteľne, keď sa rozhodla angažovať v boji proti koronavírusu,“ hovorí doktor Kopáček o prvých krokoch, ktoré k tomuto daru viedli. Oddelenie public relations Slovenskej sporiteľne oslovilo manažérov z BMC SAV s ponukou, tí vytypovali vhodný prístroj. Okrem iného bolo treba riešiť aj čas. Lebo – ak to mal byť prístroj, ktorý reálne pomôže pri testovaní – musel to byť taký, ktorý vie výrobca dodať rýchlo. Dôležitý bol aj zámer, aby bola nová technológia použiteľná aj po kríze – teda aby ho vedci mohli používať pri ďalšom výskume. „Nový prístroj túto požiadavku spĺňa. Je to otvorený systém, v ktorom sa dajú meniť parametre, a súpravy, ktoré sme k nemu dostali, sa dajú použiť aj na iné druhy vírusov,“ pripomína J. Kopáček. „Napríklad vieme naraz vyšetriť tisíce vzoriek pri podozrení na kliešťovú encefalitídu. Alebo urobiť monitoring nejakého územia, kde sa v súvislosti s otepľovaním objavia nové druhy komárov.“

„Za Nadáciu Slovenskej sporiteľne a banku sme hrdí, že môžeme byť súčasťou tohto projektu a že z milióna eur, ktorý sme vyčlenili na pomoc v boji s pandémiou koronavírusu, išlo 500-tisíc eur na nákup prístroja a izolačných setov pre potreby testovania SAV. V Slovenskej sporiteľni aj v našej nadácii veríme, že tak sa má správať dôveryhodná a zodpovedná firma, ktorá je tu pre svojich klientov, zamestnancov aj pre spoločnosť. Lebo len spolu máme na to, aby sme sa dokázali postaviť a začať znova žiť,“ povedal k téme člen Správnej rady Nadácie Slovenskej sporiteľne a generálny riaditeľ banky Peter Krutil.

Útlm neznamená koniec

Testovací tím zatiaľ nevyskúšal, nakoľko dokáže vďaka novému stroju zvýšiť počet testov, lebo koncom mája počet vzoriek, ktoré im Úrad pre verejné zdravotníctvo dodáva, klesol. Symptómov je menej. Kontaktov s chorými či ľuďmi, ktorí pricestovali, ubúda, chrípkové obdobie prešlo… „Musíme byť však pripravení na možnosť, že uvoľnenie opatrení, pribúdajúce kontakty, možnosť opäť vycestovať a vrátiť sa budú znamenať pohyb v počte testovaných,“ hovorí profesorka Pastoreková. „Nevieme predpovedať, nakoľko a či vôbec sa vírus vráti, ale môžeme očakávať, že na jeseň príde na testovanie viac ľudí, hoci aj pre iné respiračné choroby, ktoré vyvolajú podozrenie na COVID/19.“

Riaditeľka BMC SAV zdôrazňuje, že popri testovaní sa toto pracovisko pripravuje na ďalšiu fázu – analýzu premorenosti, prítomnosti protilátok. „Vyvíjame a opätovne zavádzame neutralizačné testy. Lebo nie je jedno, aké protilátky sa u infikovaného človeka vyvinú. Z hľadiska ochrany pred ďalšou infekciou sú dôležité takzvané protektívne. Teda také, čo majú vírusneutralizačnú aktivitu. Sú schopné zabrániť vírusu šíriť sa v organizme. Na to sú špeciálne testy, ktoré sa teraz dostávajú na program dňa. Nejde o nič objavné, je to virologický štandard, ale musíme ho v laboratóriách oživiť, napasovať na tento vírus. To sa teraz deje. A pochopiteľne – máme isté predstavy, ako známu technológiu zmodernizovať, aby bola bezpečná pre ľudí.“ Dodáva, že aj tento test potrebuje laboratórium s vyššou ochranou bezpečnosti.

Koronakríza podľa S. Pastorekovej a J. Kopáčka iste ovplyvní ďalší výskum v Biomedicínskom centre Slovenskej akadémie vied. „Celkovo nám táto éra pripomenula, že treba pracovať na tom, aby sme boli lepšie pripravení na ďalšie epidémie, ktoré v súvislosti s civilizačnými zmenami určite prídu. A v tomto zmysle sa bude aj formovať časť nášho výskumu,“ zdôrazňuje profesorka Pastoreková.

Zdroj článku: časopis Akadémia/Správy SAV č. 3.2020

Autor: Martin Podstupka
Úvodné foto: Monika Hucáková
Foto v článku: Vladimír Šimíček

Prehľad článkov o koronavíruse na webovej stránke Biomedicínskeho centra SAV nájdete v článku: BMC SAV o koronavíruse v médiách